Maria João Cantinho nasceu em Lisboa em 1963. Tendo vivido toda a infância em Angola, regressou em 1975 a Portugal. Estudou na Universidade de Lisboa, onde fez licenciatura, mestrado e doutoramento. Do mestrado resultou o seu livro O Anjo Melancólico, Estudo sobre o Conceito de Alegoria, obra que foi nomeada em 2001 como um dos melhores ensaios do ano por Eduardo Prado Coelho. Publicou as seguintes obras de ficção: A Garça (2001), Caligrafia da Solidão (nomeada como finalista no Prémio Telecom, no Brasil, em 2006), Sílabas de Água (2006), O Traço do Anjo (2011), Do Ínfimo (2016), que foi galardoado com o Prémio Glória de Sant’Anna de 2017 e foi nomeado como finalista no Prémio Pen Clube de Poesia. Publicou ainda a obra Walter Benjamin: melancolia e revolução (de 2019 e que foi distinguido com o Prémio de Ensaio do Pen Clube Português).
É crítica e colabora regularmente com várias publicações como o JL, Colóquio Letras, entre muitas outras publicações académicas onde tem publicado vários ensaios. Tem integrado várias antologias de poesia e de ficção, online e impressas. Tem também organizado antologias de poesia portuguesa para revistas com a Lichtungen, Palavras Andantes (Brasil), e Blanco Móvil (México). Foi co-editora de vários livros dedicados ao pensamento de María Zambrano, Levinas, Celan, entre outros.
É presença regular em festivais de poesia como Lodève (Voix Vives du Mediterranée, 2005), Bienal Internacional do Livro de Pernambuco, 2009), Sète (Voix Vives du Mediterranée, 2011), Sidi Bou-Said (Voix Vives du Mediterranée, 2014), Festival International de Poésie de Marrakech, 2015, Festival de poesia de Sète (Voix Vives du Mediterranée) em 2017, Festival de Poésie de Génova (Voix Vives du Mediterranée) em 2018. Esteve representada no Festival de Poesia na Roménia (Braila e Tulcea) em 2019. Esteve como convidada na Universidade de Poitiers, a convite do Instituto Camões, na Universidade de Hamburgo, também a convite do instituto Camões. Desde 2011 que integra Júris literários, nomeadamente dos Prémios de Poesia, de Ficção e de Ensaio do Pen Clube Português, do Prémio Jacinto Prado Coelho da APCL, do Prémio Biografia, da APE e do Grande Prémio da Narrativa da APE. Foi Júri, também do Prémio Oceanos, em 2017, 2018 e 2019. É membro do PEN Clube Português desde 2001 e da APCL (Associação de Críticos literários).